ИРР -Варна разполага със следните специфични софтуерни продукти:

- В направление морски черупчести организми - MIKE 21 & ECOLAB

MIKE 21 се използва за двудименсионално   хидродинамично    моделиране, а като входни данни за хидродинамичните модели се използват - батиметрични данни, съпротивление на дъното (изразено чрез коефициент на грапавина), вискозитет, вятър, температура и соленост на водата, радиационни напрежения от вълнение и др. Прилагането на модул EcoLab към софтуерния продукт MIKE 21 дава възможност за моделиране на протичащите физични, химични и биологични процеси в даден  воден  обект.

- В направление генетика - BioEdit, DnSPv5, MEGA 7.0, TreeGraph